Hallo Mandy,
dass hier keiner antwortet, liegt vielleicht da dran, dass Du ziemlich viele und noch dazu unspezifische Fragen gestellt hast - aus Deiner Sicht verständlich, für alle anderen aber eben nicht leicht zu beantworten.
Ich versuche mal, einzuspringen, wo ich helfen kann:
Was mich interessieren würde, ist, ob eine dieser 3 Institutionen einen besonders guten/schlechten Ruf hat?
Ich wehre mich ganz persönlich dagegen, aufgrund eines "Rufes" eine bestimmten Hochschule für die Studienwahl zu bevorzugen. Was für den einen besonders schlecht ist, mag für den anderen gut sein. Wo der eine eine besonders gute Betreuung mit wenig Studis bevorzugt, findet die andere ein solch verschultes System eher einengend. Also: es kommt auf Dich an, Deine Bedürfnisse. Und nicht den Ruf einer Hochschule.
Wo genau liegt der Unterschied zwischen Ernährungs- und Lebensmittelwissenschaften (Uni Bonn) und Ökotrophologie?
Keine Ahnung, ich würde Dir raten: vergleiche die Studienordnungen, siehe unten.
Was mich außerdem noch interessiert, ist der Unterschied zwischen Uni und FH, aber keine Grundsatzdiskussion sondern lediglich bzgl. der Organisation 
Hierzu gab es schon viele Beiträge in diesem Forum, u. a.
hier. Die Fachhochschule hat keine Schulferien und wie alle anderen Hochschulen keine Semesterferien, sondern lediglich "vorlesungsfreie Zeiten". In denen kann es gut sein, dass Du nicht wegfahren, sondern lernen, Klausuren schreiben oder Hausarbeiten schreiben musst.
Feste Stundenpläne hängen damit zusammen, wie stark vorgeschrieben die Module sind, also: wie hoch der Pflicht- und der Wahlanteil ist. Das hängt aber ebenfalls nicht von FH/Uni ab, sondern von der Studienordnung der jeweiligen Hochschule. Du wirst also nicht umhin kommen, Dir diese Dokumente anzufordern. Ein Postkärtchen reicht im Regelfall, ein frankierter Rückumschlag hilft.
Du studierst innerhalb eines Semesters, nicht in Klassen. Dass man diese Leute hauptsächlich um sich hat und sich manchmal wie in einer Klasse fühlt, ist ganz normal.
Das Verhältnis zu den Profs hängt einzig und allein von Dir ab, auch an einer größeren Hochschule (und nicht alle FHs sind klein und haben tolle Betreuungsrelationen) kannst Du Dir ein gutes Verhältnis aufbauen. Es ist aber keine Voraussetzung für gute Noten. Wie oben gesagt: es hängt von Dir ab; manche Menschen fühlen sich in der Anonymität ganz wohl. Sie bringt auch mehr Freiheit und Selbstverantwortung...
Hope that helps,